工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算审计副组长的职责（1）负责本专业造价管理咨询业务，指导和协调造价员的工作。（2）在项目负责人的领导下，组织本专业造价人员拟定项目跟踪审计实施细则，核查资料使用、咨询原则、计价依据、计算公式、软件使用等是否正确。（3）掌握本专业项目造价管理咨询实施状况，协调并研究解决存在的问题。（4）组织编制本专业的初步成果文件及其说明和目录。3、审计成员的职责（1）依据业务要求，执行作业计划，遵守行业标准与原则，对所承担的业务质量和进度负责。（2）根据专业造价工程师的分工要求，履行本职工作，选用正确的业务数据、计算方法、计算公式、计算程序，做到内容完整、计算准确、结果真实可靠。（3）制作真实完整的现场资料。计算建筑面积的范围（1）单层建筑物不论其高度如何，均按一层计算，其建筑面积以外墙勒脚以上的结构外围水平面积计算。注意是结构外表面，不包括粉刷、贴面等外装修。（2）高低联跨的单层建筑物，当高跨为边跨时，按勒脚上两端山墙外表面之间的水平长度乘以勒脚以上对墙表面至高跨中柱外边线的水平宽度计算；当高跨为中跨时，按勒脚以上两端山墙外表面间的水平长度乘以中柱外边线的水平宽度。
工程预算控制包括资料、特殊作业专项方案的编制，施工标志的购置及宣传的费用；远程监控设施费用；电气保护、照明设施费用，施工用电的费用，包括配电箱三级配电、两级保护装置要求、外电防护措施；起重机、塔吊等起重设备(含井架、门架)及外用电梯的防护措施(含警示标志)及卸料平台的临边防护、层间门、防护棚等设施费用；建筑工地起重机械的检验检测费用；施工机具防护棚及其围栏的保护设施费用；施工防护通道的费用；消防设施与消防器材的配置费用；其他防护措施费用。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。